11岁的乐无异，在随父行商的途中，偶遇偃术大师谢衣，被卷入流月城的追杀。谢衣为救乐无异重伤，死前将昭明神剑的碎片地图存入昏迷的乐无异身体。乐无异苏醒，谢衣已不知所踪。之后的10年，乐无异一方面自修偃术，另一方面苦寻谢衣下落，因为他一直惦记着当初的约定，长大后要拜谢衣为师。途中，他邂逅了百草谷的叛逃少女闻人羽。阴差阳错下，两人一同救下了半妖皇子夏夷则，夏夷则为救自己和母亲，决定和乐无异、闻人羽一同寻找谢衣。他们在朗德寨找到了谢衣，但谢衣因故失忆，为恢复记忆、以获知流月城阴谋，乐无异等人与谢衣一同寻找名为昭明的上古之剑，途中遇到流月城大祭司沈夜率众来袭，谢衣为救众人身死。乐无异通过谢衣遗留的偃甲“通天之器”，得知谢衣与流月城的关系及流月城的往事。为替谢衣报仇，并阻止流月城阴谋，乐无异与伙伴们历尽艰险找到昭明剑心，赶赴至高居九天的流月城，击败沈夜、消灭砺罂，最终阻止了一场灾难的发生。

明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野内外噤若寒蝉。时有赵怀安（李连杰 饰）等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤 饰）出面干预。另一方面，宫女素慧容（范晓萱 饰）怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之所在。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队剑拔弩张，关键时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟（陈坤 饰）与女侠客顾少棠（李宇春 饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。　　各方势力云集于此，新的正邪之战即将展开，更有天大的秘密即将揭开……