异次元人亚波妄想侵占地球，炮制了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的驾驶员北斗星司和护士小姐南夕子。二人竭尽全力救援遇难的人们，但终于精疲力尽倒在瓦砾中……救了他俩的是艾斯·奥特曼。艾斯把自己的生命溶入了二人的体中。　　北斗和南夕子为了继续与亚波人战斗，参加了地球防卫军TAC，经过顽强地训练，终于战胜了贝劳克恩。　　艾斯的战斗能力日趋强大，在自身掌握的特殊的光线技能和奥特兄弟的协助下，战胜了超兽和超人艾斯杀手，并会同奥特兄弟在异次元空间同亚波人展开了殊死的决斗。月球人的南夕子返回月球后，艾斯便附在北斗一人身上了。重任在肩，艾斯持之以恒地与超兽、亚波人搏斗。在击败了亚波人最得意的合成超兽后返回了光之国——奥特之星。

梦比优斯在巡逻时接收到光之国的讯息，得知希卡利在怪兽墓场陷入危机，遂马上赶往救援，并与已经抵达艾斯、泰罗碰头。梦比优斯赶到怪兽墓场时，发现艾斯和泰罗已经落入四天王的圈套并被擒做人质，而希卡利竟然和四天王合作，逼迫梦比优斯进入炎之谷取出终极战斗仪。梦比优斯无法相信这一切，却也无可奈何，只好进入炎之谷，并与新认识的伙伴机械扎姆联手战胜了守卫炎之谷的芝顿，最终取得了终极战斗仪。实际上，希卡利是假意和四天王合作，在梦比优斯拿出终极战斗仪的一刻，就利用终极战斗仪的力量救出了被抓的艾斯和泰罗。奥特兄弟借此得以发起反击，并以绝对优势击败了暗黑四天王。没想到的是，美菲拉斯星人在临死前，触发了机械扎姆的隐藏身份，原来机械扎姆是安培拉星人的复活装置。为了阻止安培拉星人的复活，梦比优斯最终只好亲手消灭了这个新的朋友。

20年前，奥特兄弟为了阻止由异次元人亚布鲁怨念衍生出来的终极超兽奥特杀手萨乌鲁斯，奥特兄弟用尽了所有力量和萨乌鲁斯进行了一番苦战。最后，奥特杀手萨乌鲁斯被打败，沉入了神户港的深海。亚布鲁的怨念得以被封印，但是，奥特兄弟们也丧失了变身的能力。梦比优斯奥特曼来到地球半年后，隐约感觉到了神户的异样并独自一人去前去调查。梦比优斯奥特曼得知传说中的奥特兄弟作为人类，在神户生活着。此时，由多位外星人组成的宇宙联盟为了解开当年封印，也来到了地球。为了使沉睡在神户深海的奥特杀手萨乌鲁斯复活，宇宙联盟决定先铲除可能成为最大阻碍的梦比优斯奥特曼。光之国的佐菲向地球上的奥特兄弟们发出了奥特签名，提醒他们要小心宇宙联盟。一场正邪之间的较量再度展开......